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Functional genomics and the molecular basis of differentiation - Syllabus
Functional genomics and the molecular basis of differentiation - Syllabus

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CHIARA BAZZOCCHI (responsabile dell'insegnamento)

CdL in SCIENZE BIOTECNOLOGICHE VETERINARIE (Classe LM-9) Immatricolati fino all'aa 2015/2016 - Laurea Magistrale - GAMETI, CELLULE, TESSUTI:APPLICAZIONI IN RIPRODUZIONE E TERAPIA - 2016/2017

Insegnamento obbligatorio / Compulsory course
Anno di corso / Year of course2s
Periodo di svolgimentoprimo / first trimestre
Settori scientifico disciplinari / Scientific fields
  • AGR/17 - Zootecnica generale e miglioramento genetico
  • VET/06 - Parassitologia e malattie parassitarie degli animali
Crediti (CFU) obbligatori / ECTS credits (CFU) compulsory8
Crediti (CFU) facoltativi / ECTS credits - facultative-

Informazioni generali / general information

Lingua dell'insegnamento / Language of instruction: Inglese

Programma di studio / Syllabus

Short description english flag

The objective of the course is to provide students with: 1) a general overview on the principal methods for the study of genomes (genome sequencing techniques, genome annotation, phylogenetic studies); a general overview on the single cell genomic and trancriptomic techniques

Programma / Syllabus Unit: Genomics and epigenetics in vertebrates:

Geni, marcatori e il genoma
DNA e RNA, tecnologie di sequenziamento attualmente disponibili
Epigenetica nei mammiferi
Epigenetica ed embriologia
Ruolo dell’imprinting genico nella fertilità e promesse delle tecnologie Genome-Wide.
Genomic Imprinting ed esempio di cluster genici nel genoma bovino
Epigenetica e la salute degli animali
Ruolo dell’epigenetica e dei microRNA nella salute degli animali

Programma / Syllabus Unit: Genomics and epigenetics in vertebrates per non frequentanti / not attendant students

Geni, marcatori e il genoma
DNA e RNA, tecnologie di sequenziamento attualmente disponibili
Epigenetica nei mammiferi
Epigenetica ed embriologia
Ruolo dell’imprinting genico nella fertilità e promesse delle tecnologie Genome-Wide.
Genomic Imprinting ed esempio di cluster genici nel genoma bovino
Epigenetica e la salute degli animali
Ruolo dell’epigenetica e dei microRNA nella salute degli animali

Bibliografia e altri materiali didattici / Readings Unit: Genomics and epigenetics in vertebrates:

Livestock Epigenetics
Hasan Khatib (Editor)
ISBN: 978-0-470-95859-9
February 2012, Wiley-Blackwell

Bibliografia e altri materiali didattici / Readings Unit: Genomics and epigenetics in vertebrates per non frequentanti / not attendant students

Livestock Epigenetics
Hasan Khatib (Editor)
ISBN: 978-0-470-95859-9
February 2012, Wiley-Blackwell

Programma / Syllabus Unit: Genomics and molecular basis of differentiation in model invertebrate organisms and pathogens:

Sequenziamento del genoma di una singola cellula: metodi di isolamento cellulare, lisi cellulare ed estrazione del DNA, amplificazione del genoma con metodologia MDA.
Metodi ed applicazioni del sequenziamento del trascrittoma di una singola cellula.
Tecniche di Next Generation Sequencing
Applicazioni del NGS nell'analisi del microbioma e del trascrittoma batterico.
Studio dell'evoluzione e del cambiamento del genoma batterico mediante studi filogenetici
Esercitazioni:
Uso del sistema operativo LINUX
Assemblaggio, annotazione e filogenesi di genomi procarioti.
Analisi di dati derivati da studi di metagenomica shutgun.

Programma / Syllabus Unit: Genomics and molecular basis of differentiation in model invertebrate organisms and pathogens per non frequentanti / not attendant students

Sequenziamento del genoma di una singola cellula: metodi di isolamento cellulare, lisi cellulare ed estrazione del DNA, amplificazione del genoma con metodologia MDA.
Metodi ed applicazioni del sequenziamento del trascrittoma di una singola cellula.
Tecniche di Next Generation Sequencing
Applicazioni del NGS nell'analisi del microbioma e del trascrittoma batterico.
Studio dell'evoluzione e del cambiamento del genoma batterico mediante studi filogenetici
Esercitazioni:
Uso del sistema operativo LINUX
Assemblaggio, annotazione e filogenesi di genomi procarioti.
Analisi di dati derivati da studi di metagenomica shutgun.

Bibliografia e altri materiali didattici / Readings Unit: Genomics and molecular basis of differentiation in model invertebrate organisms and pathogens:

Materiale fornito direttamente dal docente

Bibliografia e altri materiali didattici / Readings Unit: Genomics and molecular basis of differentiation in model invertebrate organisms and pathogens per non frequentanti / not attendant students

Materiale didattico fornito direttamente dal docente

Modalità di esame, prerequisiti, esami propedeutici / Prerequisites, exams and assessment

Esame / Examunico
Modalità di accertamento conoscenze / Type of assessmentEsame
Giudiziovoto verbalizzato in trentesimi

Prerequisiti e modalità di esame Modalità esame: scritto

Modalità esame: scritto

Organizzazione didattica / Structure of the course

Unit: Genomics and epigenetics in vertebrates

obbligatorio / compulsory

Settori e relativi crediti / Scientific fields

  • AGR/17 - Zootecnica generale e miglioramento genetico
  • VET/06 - Parassitologia e malattie parassitarie degli animali

  • cfu: / ects: 4
Attività didattiche previste / Learning activities

Esercitazioni: 12 ore / hours

Lezioni: 18 ore / hours

Docenti / Teachers

Unit: Genomics and molecular basis of differentiation in model invertebrate organisms and pathogens

obbligatorio / compulsory

Settori e relativi crediti / Scientific fields

  • AGR/17 - Zootecnica generale e miglioramento genetico
  • VET/06 - Parassitologia e malattie parassitarie degli animali

  • cfu: / ects: 4
Attività didattiche previste / Learning activities

Esercitazioni: 24 ore / hours

Lezioni: 12 ore / hours

Ricevimento docenti / Teacher's office hours

Orario di ricevimento Docenti / Teacher's office hours
Docente / TeacherOrario di ricevimento / Office's hoursLuogo di ricevimento / Office location
CHIARA BAZZOCCHI (responsabile dell'insegnamento)Mercoledì 11.00-12.00DiMeVet; Patologia Generale e Parassitologia
GIULIETTA MINOZZI