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Omics - Syllabus
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GIULIO GIORGIO ALESSANDRO PAGNACCO (responsabile dell'insegnamento)

CdL in SCIENZE BIOTECNOLOGICHE VETERINARIE (Classe LM-9) Immatricolati fino all'aa 2015/2016 - Laurea Magistrale - 2016/2017

Insegnamento obbligatorio / Compulsory course
Anno di corso / Year of course1s
Periodo di svolgimentoprimo / first trimestre
Settori scientifico disciplinari / Scientific fields
  • BIO/10 - Biochimica
  • BIO/18 - Genetica
Crediti (CFU) obbligatori / ECTS credits (CFU) compulsory10
Crediti (CFU) facoltativi / ECTS credits - facultative-

Informazioni generali / general information

Lingua dell'insegnamento / Language of instruction: italiano, Saranno tenuti seminari ed esercitazioni in lingua inglese

Metodi didattici /Activities: lezioni frontali ed esercitazioni in laboratorio

Programma di studio / Syllabus

Short description english flag

GENERAL OBJECTIVES:
The course is aimed at providing information concerning the principal biochemical techniques utilized in proteomics and the most important applications in different fields

Programma / Syllabus Unita' didattica: Introduzione alla genomica:

Programma del corso:
INTRODUZIONE ALLA GENOMICA
1. Genoma struttura e dimensione, differenze tra genomi, mutazioni, SNP, mutazioni causative, anonime sinonime, locus e allelia, frequenze alleliche.
2. HWE e test statistico, chi quadro, omozigosi ed eterozigosi, variazione delle frequenze alleliche per effetto della deriva genetica, distribuzione binomiale.
3. Variazione delle frequenze genotipiche per effetto dell’aumento di consanguineità, riduzione dell’eterozigosi, significato e calcolo della parentela e della consanguineità.
4. Perdita di eterozigosi, entro e tra popolazioni, distanze genetiche e statistiche F.
5. Uso di dati genomici per l’accertamento di paternità e per l’attribuzione di un prodotto (autenticità).
6. Relazione genotipo e fenotipo, effetti semplici e di dominanza, varianze ed ereditabilità dei caratteri, effetto di sostituzione genica.
7. Linkage tra due loci, disequilibrio da linkage, fase, aplotipo, frequenza di ricombinazione, correlazione tra due loci, il concetto di firme della selezione, regioni genomiche conservate.
8. Bead-chip, analisi in LD, MD e HD, associazione tra marcatori anonimi e loci di significato economico, stima dell’effetto di sostituzione genica di precise regioni genomiche, analogia col modello infinitesimale
9. Indice genomico, popolazione di training, impatto sulle popolazioni animali, riduzione dell’intervallo di generazione, uno sguardo al futuro.

Programma / Syllabus Unita' didattica: Introduzione alla genomica per non frequentanti / not attendant students

Programma del corso:
INTRODUZIONE ALLA GENOMICA
1. Genoma struttura e dimensione, differenze tra genomi, mutazioni, SNP, mutazioni causative, anonime sinonime, locus e allelia, frequenze alleliche.
2. HWE e test statistico, chi quadro, omozigosi ed eterozigosi, variazione delle frequenze alleliche per effetto della deriva genetica, distribuzione binomiale.
3. Variazione delle frequenze genotipiche per effetto dell’aumento di consanguineità, riduzione dell’eterozigosi, significato e calcolo della parentela e della consanguineità.
4. Perdita di eterozigosi, entro e tra popolazioni, distanze genetiche e statistiche F.
5. Uso di dati genomici per l’accertamento di paternità e per l’attribuzione di un prodotto (autenticità).
6. Relazione genotipo e fenotipo, effetti semplici e di dominanza, varianze ed ereditabilità dei caratteri, effetto di sostituzione genica.
7. Linkage tra due loci, disequilibrio da linkage, fase, aplotipo, frequenza di ricombinazione, correlazione tra due loci, il concetto di firme della selezione, regioni genomiche conservate.
8. Bead-chip, analisi in LD, MD e HD, associazione tra marcatori anonimi e loci di significato economico, stima dell’effetto di sostituzione genica di precise regioni genomiche, analogia col modello infinitesimale
9. Indice genomico, popolazione di training, impatto sulle popolazioni animali, riduzione dell’intervallo di generazione, uno sguardo al futuro.

Bibliografia e altri materiali didattici / Readings Unita' didattica: Introduzione alla genomica:

Materiale didattico fornito e trasmesso dal docente

Bibliografia e altri materiali didattici / Readings Unita' didattica: Introduzione alla genomica per non frequentanti / not attendant students

Materiale didattico fornito e trasmesso dal docente

Programma / Syllabus Unita' didattica: Proteomica :

OBIETTIVI del MODULO:
Il corso è volto a fornire informazioni riguardanti le principali tecniche biochimiche utilizzate in proteomica

ORGANIZZAZIONE DEL MODULO:

Lezioni
Identificazione di proteine ed analisi
Estratti cellulari e sub-cellulari
Elettroforesi analitica e preparativa su gradienti di pH immobilizzati
Metodi di colorazione
Mappe proteiche ed analisi di sequenza di proteine separate su gel
Sequenza di proteine e peptidi in soluzione
Amminoacido analisi di proteine e peptidi
Microarrays di proteine
Spettrometria di massa in proteomica
Analisi quantitative mediante spettrometria di massa
Studi di modificazioni post-traduzionali mediante spettrometria di massa
Caratterizzazione di complessi proteici
Proteomica comparata
Identificazione di biomarkers ed antigeni, controllo degli alimenti
Identificazione di microorganismi mediante spettrometria di massa
Tecniche spettroscopiche in proteomica (IR, NMR, EPR)


Esercitazioni
2D elettroforesi
Spettrometria di massa MALDI
Microarrays

Programma / Syllabus Unita' didattica: Proteomica per non frequentanti / not attendant students

OBIETTIVI del MODULO:
Il corso è volto a fornire informazioni riguardanti le principali tecniche biochimiche utilizzate in proteomica

ORGANIZZAZIONE DEL MODULO:

Lezioni
Identificazione di proteine ed analisi
Estratti cellulari e sub-cellulari
Elettroforesi analitica e preparativa su gradienti di pH immobilizzati
Metodi di colorazione
Mappe proteiche ed analisi di sequenza di proteine separate su gel
Sequenza di proteine e peptidi in soluzione
Amminoacido analisi di proteine e peptidi
Microarrays di proteine
Spettrometria di massa in proteomica
Analisi quantitative mediante spettrometria di massa
Studi di modificazioni post-traduzionali mediante spettrometria di massa
Caratterizzazione di complessi proteici
Proteomica comparata
Identificazione di biomarkers ed antigeni, controllo degli alimenti
Identificazione di microorganismi mediante spettrometria di massa
Tecniche spettroscopiche in proteomica (IR, NMR, EPR)


Esercitazioni
2D elettroforesi
Spettrometria di massa MALDI
Microarrays

Bibliografia e altri materiali didattici / Readings Unita' didattica: Proteomica :

TESTI CONSIGLIATI
Appunti, seminari e corsi on line

Bibliografia e altri materiali didattici / Readings Unita' didattica: Proteomica per non frequentanti / not attendant students

TESTI CONSIGLIATI
Appunti, seminari e corsi on line

Modalità di esame, prerequisiti, esami propedeutici / Prerequisites, exams and assessment

Esame / Examunico
Modalità di accertamento conoscenze / Type of assessmentEsame
Giudiziovoto verbalizzato in trentesimi

esame scritto

Organizzazione didattica / Structure of the course

Unita' didattica: Introduzione alla genomica

obbligatorio / compulsory

Settori e relativi crediti / Scientific fields

  • BIO/10 - Biochimica
  • BIO/18 - Genetica

  • cfu: / ects: 3
Attività didattiche previste / Learning activities

Lezioni: 18 ore / hours

Unita' didattica: Proteomica

obbligatorio / compulsory

Settori e relativi crediti / Scientific fields

  • BIO/10 - Biochimica
  • BIO/18 - Genetica

  • cfu: / ects: 7
Attività didattiche previste / Learning activities

Esercitazioni: 12 ore / hours

Lezioni: 36 ore / hours

Docenti / Teachers

Ricevimento docenti / Teacher's office hours

Orario di ricevimento Docenti / Teacher's office hours
Docente / TeacherOrario di ricevimento / Office's hoursLuogo di ricevimento / Office location
GIULIO GIORGIO ALESSANDRO PAGNACCO (responsabile dell'insegnamento)
GABRIELLA TEDESCHILunedi dalle 10:30 alle12:30